Xavéri Szent Ferenc 1506. április 7-én született a baszkföldi Navarra tartomány Xavér várában, baszk főnemesi családban. A fegyverforgatás helyett a tudományok érdekelték, elsősorban a filozófia és a teológia, jó iskolai alapok után 1525-ben a párizsi Szent Borbála kollégiumba került, először méltatlan tanároknál tanult, majd Juan Pena kezei alá került, ennek a gyümölcsöző tanár-diák viszonynak eredménye lett, hogy 1530-ban megszerezte a bölcsészeti doktorátusát és mindjárt kinevezték a Beauvois kollégiumba egyetemi tanárnak.

A Gondviselés rendeléséből 1529-től Loyolai Ignác és a szavójai Fáber Péter lettek a szobatársai. Ignácnak sikerült megnyernie a saját ügyében Ferencet, a világi célok, a tudományos pályán való érvényesülés helyett a természetfeletti irányba sikerült terelni az érdeklődését. Egy bizalmas beszélgetés során hangzott el a később híresé vált kérdése: "Mit használ az embernek, ha az egész világot megnyeri is, de a lelkének kárát vallja?" Erre Ferenc hiúsága elolvadt és egészen Ignác lelki vezetésére bízta magát és a jezsuita rend alapítói körébe lépett.

Rómában Ignác közbenjárására III. Pál pápa megbízta az indiai misszióval. 1541-ben a portugál Alfons de Sousa indiai alkirály társaságában Indiába utazott. A rettenetes időjárás miatt tizenhárom hónapig tartott az út, amire megérkeztek Goába. Itt Jean Albuqueque püspök teljes felhatalmazásával végezte térítő munkáját. Nagyon okos elgondolással, egy kis csengettyűvel járta az utcákat és megkérte a szülőket, hogy engedjék hozzá a gyermekeiket hitoktatásra. A módszer nagyon hamar bevált, a gyermekeken keresztül a felnőttek is tömegesen érdeklődtek a hitigazságok iránt és tömegével tértek meg és keresztelkedtek meg.

Már 1542-ben jótevők segítségével megnyitotta a Szent Pál kollégiumot a bennszülött hittérítők képzésére. Malabári nyelvre lefordította a katekizmust, majd újabb missziós célok felé fordult, végig járta Ceylont és a Molukki szigetcsoportot, a bevált módszerével térített. Itt keresztelte meg Neachile királynőt, amely hatalmas visszhanggal járt. (Ezt az eseményt örökítette meg a híres jezsuita művész Andrea Pozzo oltárképén is, amely egykor szintén a jezsuiták tulajdonában volt, ma a Kiscelli Múzeumban látható.)

1549-ben a japán Kagoshimán hithirdetett, nagy erőfeszítéssel megtanulta a japán nyelvet, furcsa kiejtésén a műveltebbek először nevettek, majd több százan felismerték a hit igazságait és megkeresztelkedtek. Ezt a helyi papok rossz szemmel nézték és áskálódni kezdtek Ferenc ellen, aminek a végén el kellet hagynia Kagoshimát, más vidékre ment és alaposan tanulmányozta a japán kultúrát.

Rájött, hogy a japán művelődés, életmód és a vallási hagyományok Kínából származnak és nemcsak a japán életet, hanem az egész Távol-Keletet a kínai kultúra befolyása határozza meg. Ezért elhatározta, hogy Kínán keresztül evangelizálja az egész Keletet. A terve végrehajtása érdekében a kínai Sanchan szigetére utazott, amely a külföldiek számára volt kijelölve a kínai kapcsolat tartás céljából. Innen akart a kínai szárazföld belsejébe utazni, de súlyosan megbetegedett. Helyi kísérői faképnél hagyták a lázas beteg Ferencet, aki 1552. október.1-én, teljesen egyedül, elhagyatva halt meg. Később tanítványai és lelki gyermekei az újkor legnagyobb misszionáriusának, az apostolok utáni idők legsikeresebb hithirdetőjének a holttestét a 1553-ban Malakkára vitték, majd Goában temették el.